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卓越学者型医师项目作为清华探索新医科过程中推出的临床医学新MD项目，在入学前需要完成医学预科课程学习，入学后分两个阶段完成医学专业学习。
第一阶段：前两年的基本医学教育阶段，通过器官系统教学等完成医学教育课程学习，践行早期接触临床、早期接触社会和早期接触科研的三早概念，同时开展贯穿全程的医学人文、研究能力、九州体育·（中国）官方网站领导力培训。
第二阶段是后两年的专业能力提升阶段，在北京清华长庚医院等附属医院进行临床实践训练，期间安排海外顶级医疗机构专科实习和临床研究顶点课程培训机会。
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